Horisontti Euroopan osallistumissääntöjen mukaan projektiosallistuminen on mahdollista kaikenlaisille organisaatioille ja mistä päin maailmaa tahansa. Käytännössä se ei kuitenkaan ole kenelle tahansa aina täysin avointa.
EU:n v. 2021 julkaistu kansainvälisen tutkimus- ja innovaatioyhteistyön strategia Global Approach to Research and Innovation linjaa, kuinka EU:n kansainvälinen yhteistyö on monenkeskistä, avointa ja perustuu vastavuoroisuuteen. Tutkimuksella ja innovoinnilla on siinä tärkeä roolinsa, kun EU haluaa edistää ja etsiä globaaleja ratkaisuja suuriin globaaleihin haasteisiin, kuten ilmastonmuutokseen ja pandemioihin, painottaen samalla kansainvälisten sopimusten ja sääntöjen merkitystä sekä EU:n perusarvojen kunnioittamista. Tutkimus- ja innovaatioyhteistyön tulee vahvistaa EU:n avointa strategista autonomiaa.
Horisontti Eurooppa -ohjelmassa EU:n avoimen strategisen autonomian merkitys näkyy käytännössä siinä, että EU voi tarvittaessa asettaa rajoituksia EU:n ulkopuolisten maiden osallistumiselle projekteihin, joissa on kyse EU:n strategisesta pääomasta, osaamisesta, eduista tai turvallisuudesta. Samoin erityistapauksissa voidaan estää sellaisten organisaatioiden osallistuminen, jotka ovat suoraan tai epäsuoraan EU:n ja Horisontti Euroopan ulkopuolisen ns. muun kolmannen maan hallinnassa (controlled from non-associated third countries).
Kaikista mahdollisista poikkeuksista ja rajoituksista ilmoitetaan selkeästi työohjelmissa ja niissä hakuteksteissä, joita ne voivat koskea.
Assosiaatiomaat (Associated Countries) ovat sellaisia EU:n ulkopuolisia maita (third countries), jotka ovat tehneet EU:n kanssa erillisen kahdenkeskisen sopimuksen liittymisestä Horisontti Eurooppa -yhteistyöhön. Assosiaatiomaista tulevat kumppanit saavat lähtökohtaisesti osallistua ohjelman hakuihin samoin oikeuksin ja ehdoin kuin kumppanit EU-maista, ellei jotain rajoitusta tai ehtoa ole erikseen selkeästi ilmaistuna työohjelmassa tai hakuasiakirjoissa.
Assosiaatiomaiden lisäksi on muita ulkopuolisia maita, joille on annettu joko osallistumisoikeus tai rahoituskelpoisuus tai molemmat. Tyhjentävä lista näistä erilaisista kategorioista löytyy Euroopan komission Funding & Tender -portaalista (List of participating countries, huom. päivätty 17.12.2021). Muut ulkopuoliset maat -kategoriaan kuuluvien osalta rahoitushaut tai työohjelmat voivat sisältää erillismääräyksiä ja sallia rahoituskelpoisuuden, mutta vain siis erikseen mainittuna. Lähes sama koskee kansainvälisiä organisaatioita.
Kokonaan vailla sekä osallistumis- että rahoituskelpoisuutta ovat EU-lainsäädännön perusteella maat, joihin EU kohdistaa kansainvälisiä rajoitus- tai pakotetoimia.
Assosiaatiosopimuksen täytyy olla allekirjoitettu ja voimassa (in force) silloin, kun projektin avustussopimusta allekirjoitetaan, jotta partneri voi osallistua assosiaatiomaa-statuksella projektiin.
Jos sopimus viivästyy, komissio antaa kohtuullisen ajan projektikonsortiolle muutostoimiin. Konsortio voi etsiä kyseisen partnerin tilalle tai sen lisäksi uuden partnerin, jos projektin kokoonpanoa koskevat vähimmäisvaatimukset sitä edellyttävät. Kyseinen partneri voi osallistua associated partner eli yhteistyökumppani-roolissa projektiin, koska se ei ole rahoituskelpoinen. Jos maan status muuttuu projektin aikana, partneri voidaan muuttaa beneficiary- eli avustuksensaaja-rooliin sopimuslisäyksellä. Jos assosiaatiosopimuksessa on huomioitu takautuva soveltaminen, silloin tämän partnerin kustannukset voivat olla rahoituskelpoisia jo projektin alusta saakka eivätkä vasta sitten, kun se itse on saanut avustuksensaajan roolin projektissa.
Sveitsin ja EU:n väliset yhteistyöneuvottelut ovat keskeytyneet eikä niiden jatkumisesta ole toistaiseksi tietoa. Ilman voimassa olevaa assosiaatiosopimusta Sveitsi kuuluu nyt muiden kolmansien maiden joukkoon. Osallistujat Sveitsistä voivat olla mukana hakemuksissa, kunhan osallistujakokoonpanon minimivaatimukset täyttyvät, mutta ne eivät saa Horisontista rahoitusta. Esimerkiksi yliopisto tai vastaava Sveitsistä ei tällä hetkellä kelpaa ERC-hakijoille isäntäinstituutioksi, vaan ERC-rahoituksen hakijan on löydettävä isäntäinstituutio EU-jäsenmaasta tai Horisontin assosiaatiomaasta.
Sveitsin osallistumisesta ja kansallisista rahoitusratkaisuista tiedottaa Swiss EUresearch.
Iso-Britannian ja EU:n välille solmittu kaupan ja yhteistyön sopimus TCA (Trade and Cooperation Agreement) sisältää myös assosioitumisen sekä Horisontti Eurooppaan että EURATOM-ohjelmaan. Virallisesti assosiaatio toteutuu vasta, kun siitä tehty tarkempi Protocol-pöytäkirja astuu voimaan. Se on kuitenkin vielä luonnosvaiheessa, eikä sen voimaantulopäivästä ole varmuutta. Niinpä Iso-Britanniakin kuuluu toistaiseksi Sveitsin tavoin muiden kolmansien maiden joukkoon eli sen kumppanit eivät ole oikeutettuja Horisontti-rahoitukseen eivätkä täytä projektin kokoonpanolle asetettuja minimivaatimuksia.