Tavoitteena on etsiä alasta riippumatta tutkimusta, joka pystyisi radikaalisti uudistamaan vallitsevia suuntauksia.
Rahoitus suunnataan kehittymässä oleville aihealueille. Tavoitteena on tukea vielä hajanaisen, uuden tutkimusyhteisön tiivistymistä ja kasvua ennalta määritellyillä aihealueilla.
Suuria tieteidenvälisiä ja teknologisia haasteita pyritään ratkaisemaan FET Flagships -toimilla. Onnistuminen edellyttää useiden eri tieteenalojen, teknologioiden, ohjelmien ja yhteisöjen sekä julkisten että yksityisten rahoittajien yhteistyötä. Rahoitettaviksi valitaan FET-lippulaivahankkeita, joiden kestoksi arvioidaan jopa 10 vuotta.