Euroopan komissio on aiemminkin yhdessä eri kansallisten ja kansainvälisten toimijoiden kanssa toteuttanut ja osarahoittanut yhteisiä ohjelmia ja kohdennettuja temaattisia yhteishakuja. Jatkossa Horisontti Euroopassa tätä toimintaa toteutetaan koordinoidummin, systemaattisemmin ja vain kolmen toteutusmallin mukaan.

Kumppanuusohjelmat sisältyvät Globaalit haasteet ja Euroopan teollisuuden kilpailukyky -pilariin. Runsas kolmannes tämän 2. pilarin rahoituksesta kanavoidaan kumppanuusohjelmien kautta. Kumppanuusohjelmat rahoitetaan aina yhteisesti. Euroopan komission lisäksi rahoittajina voivat olla kansalliset rahoitusorganisaatiot, julkiset viranomaiset, yksityisen sektorin toimijat tai teollisuusjärjestöt.

Kumppanuusmallit

Kumppanuudet toteutetaan kolmen eri mallin mukaan.

1. Yhteisohjelmat (Co-programmed) 

   Ohjelmilla on yhteinen tutkimus- ja innovaatioagenda, jota toteutetaan pääasiassa Horisontti Eurooppa -ohjelman työohjelmassa julkaistujen avoimien hakujen kautta. Rahoituksen hakeminen ja hankeosallistuminen toimii kuten muissakin avoimesti julkaistuissa ja toteutetuissa Horisontti Eurooppa -hauissa. 
   
   

2. Yhteisrahoitteiset (Co-funded) 

   Kumppanuusohjelmien partnereina ovat kansalliset rahoittajat, jotka sopivat yhteisen tutkimus- ja innovaatioagendan ja jotka rahoittavat  yhteisprojekteissa oman maansa osallistujat. EU rahoittaa osan kustannuksista.
   
   

3. Institutionaaliset (Institutionalised)

   Nämä perustuvat teollisuus- tai tutkimuskentän pitkäaikaiseen ja tiiviiseen yhteistyöhön. Lakipohjana ovat EU-sopimuksen (SEUT) artiklat 185 ja 187 sekä asetus Euroopan teknologiainstuutin EIT:n perustamisesta. EU osallistuu teollisuuden tai jäsenmaiden johtamaan kokonaisuuteen.