Useimmat EU:n rahoittamat hankkeet ovat yhteistyöhankkeita, joihin osallistuu organisaatioita useista EU-maista ja EU:hun assosioituneista maista. Yhteistyökumppanin etsinnässä voi käyttää erilaisia hakupalveluja.

Yhteistyökumppania voi etsiä joko itsenäisesti tai erilaisilla hakupalveluilla, joiden kautta voi löytää yhteistyöstä kiinnostuneita organisaatioita sekä jättää ilmoituksen omasta yhteistyöhalukkuudesta.

Sen mukaan, mistä rahoitusohjelmasta on kysymys (yleensä tutkimuksen ja innovoinnin alan ohjelmia), mahdollisista yhteistyökumppaneista ja yhteistyöpyynnöistä voi saada tietoa kansallisten yhteyspisteiden kautta. Myös erilaiset tapahtumat tarjoavat verkostoitumismahdollisuuksia.